Em Portugal, é conhecida a existência de membros da Ordem filiados à Grande Loja de Língua Portuguesa, sediada no Brasil e a outras Grandes Lojas desde meados do século passado. Dadas as circunstâncias políticas até então vigentes, a Ordem não podia ter expressão legal em Portugal, pelo que apenas em Julho de 1979 iniciou as suas actividades de forma organizada. Nessa ocasião, a Soror Maria Moura
– Grande Mestre da Jurisdição de Língua Portuguesa, com sede em Curitiba no Brasil – deslocou-se a Portugal, onde foi recebida por um significativo número de rosacruzes tendo celebrado, ela própria, a 1ª Convocação Rosacruz, no dia 29 de Julho, no Salão de Festas dos Bombeiros Voluntários Lisbonenses, na Rua Camilo Castelo Branco. Do discurso dessa Convocação, "A Nova Ética", destacamos:
…não sendo a Ética estática e caracterizando-se pelo movimento, tornava-se necessário que o acompanhássemos, deixando de lado velhas concepções, como a de um Deus personalizado, violando ele próprio constantemente as leis por Si criadas...
…o trabalho Rosacruz pretende salvar aquilo que as religiões manifestam de mais positivo, preparando as bases de concepções futuras e tendo como suporte não somente a lógica da filosofia, mas também a lógica prática...
Esta deslocação serviu também para dar a conhecer a Ordem ao público em geral dando entrevistas à televisão, à rádio, à imprensa. Os rosacruzes de Lisboa juntaram-se e a cidade passou então a ter um Capítulo Rosacruz. Mais tarde, em 25 de Outubro de 1985, dado o aumento do número de membros, foi elevado à categoria de Loja. Em 8 de Junho de 1991, o então Grande Mestre, Frater Charles Vega Parucker, procedeu solenemente à consagração do Templo, em instalações próprias, conseguidas pelos membros portugueses, na Rua D.Dinis, na mesma cidade de Lisboa, onde ainda se encontra. O Porto Rosacruz assistiu, em 9 de Abril de 1983, à sua 1ª Convocação realizada no salão dos Bombeiros Voluntários do Porto, dado que o Capítulo ainda não tinha sede própria, o que alguns meses mais tarde veio a obter na zona ribeirinha de Vila Nova de Gaia. Durante vinte e cinco anos aí permaneceu e desenvolveu as suas actividades regulares até à ansiada transferência para o centro do Porto, na Travessa de Santo Isidro – uma tranquila artéria junto ao Marquês de Pombal. Recentemente foi aberto um Atrium Rosacruz em Sintra, para juntar em actividades os membros daquele concelho que manifestaram interesse em se reunir periodicamente.
