สมาคมฟ้าสีรุ้ง มีที่มาจากความคิดที่จะช่วยเหลือคนไทย ที่รักเพศเดียวกันให้มีพื้นที่ทางสังคม และได้รับความสนใจจากภาครัฐในเรื่องของบริการ ทางการแพทย์และอื่นๆ มากขึ้น โดยมีคุณกมลเศรษฐ์ เก่งการเรือ ซึ่งในขณะนั้นมีตำแหน่งเป็นนักสังคมศาสตร์ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์,ที่ปรึกษา คลีนิกนิรนามสภากาชาดไทย และเป็นผู้ริเริ่มก่อตั้ง “ชมรมเพื่อนวันพุธ” ซึ่งเป็นกลุ่มคนที่ให้คำปรึกษา และช่วยเหลือเพื่อนๆ ที่ติดเชื้อ HIV/AI
DS
คุณกมลเศรษฐ์ และผู้มีบทบาททางสังคมคนรักเพศเดียวกันในขณะนั้น เช่นคุณระวี รติกาล, คุณวิโรจน์ ตั้งวาณิช จึงจัดงานเสวนาปัญหาเกย์ขึ้น โดยได้รับความร่วมมือจากตัวแทนภาครัฐอย่าง กระทรวงสาธารณสุข พูดคุยถึงปัญหาของ คนรักเพศเดียวกันในประเทศไทยจนได้ข้อสรุปว่าควรมี การรวมกลุ่มขึ้นอย่างชัดเจนในนาม “ชมรมเส้นทางสีรุ้ง” ในปีพ.ศ. 2542 หลังจากนั้นเป็นต้นมาความเคลื่อนไหวต่างๆ ในนาม“ชมรมเส้นทางสีรุ้ง” ไม่ประสบความสำเร็จอย่างที่คาดหวัง จนกระทั่ง ต้องเปลี่ยนกลยุทธในการหาความร่วมมือ จากคนไทยที่รักเพศเดียวกัน กลุ่มต่างๆ ซึ่งกระจัดกระจาย อยู่ในหลายๆ สังคม ด้วยการเข้าถึงที่ เพื่อรวบรวมความคิดเห็น ตลอดจนแนวคิดและวิธีการดำเนินงานใหม่ ภายใต้ชื่อใหม่ “กลุ่มฟ้าสีรุ้ง” ในปีพ.ศ. 2543 เน้นเรื่องสุขภาพและคุณภาพชีวิต ของคนไทยที่รักเพศเดียวกัน
หลัังจากนั้นเป็นต้นมา “กลุ่มฟ้าสีรุ้ง” ได้เข้าร่วมทำกิจกรรมกับองค์กรต่างๆ จากต่างประเทศ ในการรณรงค์ป้องกันโรคเอดส์ ในสวนสาธารณะ, กลุ่มเยาวชน และกลุ่มผู้ขายบริการ ตลอดปีพ.ศ. 2544 และเรียกชื่อกลุ่มใหม่เป็น “องค์กรฟ้าสีรุ้งแห่งประเทศไทย”
สมาคมฟ้าสีรุ้งแห่งประเทศไทย ได้จดทะเบียนเป็นสมาคม เมื่อปีพ.ศ. 2546 และขยายสำนักงาน สาขาไปทั่วทุกภูมิภาคในประเทศไทยใน ปัจจุบัน มีคุณวิโรจน์ ตั้งวาณิช เป็นนายกสมาคมคนแรก และคุณกิตตินันท์ ธรมธัช เป็นนายกสมาคมคนปัจจุบัน (พ.ศ. 2550), คุณกมลเศรษฐ์ เก่งการเรือ เป็นเลขาธิการสมาคม
นอกจากนั้น ยังได้ขยายความร่วมมือในการทำกิจกรรมเพื่อสังคม ไปยังองค์กรอื่นๆ ทั้งในและต่างประเทศ โดยเป็นแกนนำหลักของ “เครือข่ายความหลากหลายทางเพศ ในประเทศไทย” หรือ ThQN: Thailand Q***r Network ซึ่งเป็นศูนย์กลาง การประสานงาน และสื่อสารระหว่างบุคคล - องค์กรต่างๆ ที่ทำงานเพื่อสังคมแห่ง ความหลากหลายทางเพศ ในประเทศไทย
