จุดเริ่มต้นของการก่อตั้งองค์กรสหพันธ์นิสิตนักศึกษาเภสัชศาสตร์แห่งประเทศไทย (สนภท.) เริ่มก่อเกิดการรวมตัวของนิสิตนักศึกษาคณะเภสัชศาสตร์เพื่อทำกิจกรรม เกี่ยวกับวิชาชีพในปี พ.ศ.2518 โดยในสมัยนั้นเป็นการรวมตัวกันของนิสิตนักศึกษาคณะเภสัชศาสตร์จาก 3 มหาวิทยาลัยคือ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ และมหาวิทยาลัยมหิดล
ต่อมาในปี พ.ศ.2529 ได้มีการรวมตัว ครั้งสำคัญอีกครั้งหนึ่งของนิสิตนักศึก
ษาคณะเภสัชศาสตร์ขึ้นเพื่อเรียกร้องเกี่ยวกับวิชาชีพในเรื่องใบประกอบโรคศิลป์ และทำกิจกรรมเพื่อสังคม โดยมุ่งเน้นปวงชนเป็นหลักสำคัญ ซึ่งการรวมตัวในครั้งนี้มีนิสิต นักศึกษาเภสัชศาสตร์จาก 6 มหาวิทยาลัยเข้ารวมกลุ่มกันเป็นองค์กรคือ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ มหาวิทยาลัยมหิดล มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น และ มหาวิทยาลัยศิลปากร
จากนั้นได้มีการรวมกลุ่มกันมากขึ้นขยายเครือข่ายความร่วมมือของนิสิตนักศึกษาโดยมี สโมสรนิสิตนักศึกษาเภสัชศาสตร์ที่เป็นสมาชิกเพิ่มขึ้นเรื่อยๆตามจำนวนคณะเภสัชศาสตร์ที่ก่อตั้งขึ้นตาม มหาวิทยาลัยต่างๆทั่วประเทศ จนกระทั่งรวมกันครบ 12 มหาวิทยาลัยทั่วประเทศจึงได้ตั้งชื่อองค์กรว่า สโมสรนิสิตนักศึกษาเภสัชศาสตร์แห่งประเทศไทย จนกระทั่งปัจจุบันได้เปลี่ยนชื่อองค์กรเป็น สหพันธ์นิสิตนักศึกษาเภสัชศาสตร์แห่งประเทศไทย (สนภท.) ซึ่งเป็นองค์กรหนึ่งของนิสิตนักศึกษาคณะเภสัชศาสตร์ ซึ่งมีตัวแทนจากสโมสรนิสิตนักศึกษาคณะเภสัชศาสตร์จากทุกสถาบันทั่วประเทศเข้าร่วมเป็นคณะกรรมการบริหารสหพันธ์ฯ และมีนิสิตนักศึกษาคณะเภสัชศาสตร์ทุกคนในทุกสถาบันเป็นสมาชิกของสหพันธ์ฯ จนถึงปัจจุบัน สหพันธ์นิสิตนักศึกษาเภสัชศาสตร์แห่งประเทศไทยมีสมาชิกรวมทั้งสิ้น 19 มหาวิทยาลัย