O Futebol Clube da Madalena foi fundado em Junho de 1974 e iniciou a sua participação em provas oficiais da Associação de Futebol da Horta na época de 1974/1975, sendo então a única equipa do Pico em atividade. Na época de 1983/1984, quando o Clube Desportivo Lajense e o Vitória Futebol Clube se filiaram naquela Associação, passou a disputar-se o Campeonato na Ilha do Pico, tendo o FCM vencido o mesmo, sagrando-se também Campeão da Associação de Futebol da Horta, pela primeira vez. Após conquistar vários campeonatos ao nível de ilha (Pico), voltou a vencer o Campeonato da AFH, em 1987/1988, bem como em 1997/1998, ano em que ascendeu à 3ª Divisão Nacional de Futebol, Série Açores, entretanto criada. Desde então manteve-se sempre nos campeonatos nacionais, mostrando uma grande regularidade
de comportamento nas suas participações na Série Açores do Campeonato Nacional da 3.ª Divisão: 1998/99 - 5º clas., 1999/2000 - 3º clas., 2000/01 - 2º clas., 2001/02 - 2º clas., 2002/03 - 7º clas., 2003/04 - 2º clas. Nesta época obtém o 1º lugar e o consequente título de Campeão, subindo à 2.ª Divisão Nacional, ao vencer o SC.Lusitânia, na disputa da “liguilha” de apuramento da terceira equipa açoriana a participar neste Campeonato. A estreia (2005/2006) no Campeonato Nacional da II Divisão, série D, foi extremamente positiva, com a obtenção do 5.º lugar. A época seguinte (2006/2007), na série C, foi menos tranquila mas, pese embora as dificuldades sentidas ao longo da mesma, acabou por se classificar em 9.º lugar, o que garantiu a manutenção pelo segundo ano consecutivo. Em 2007/2008 descemos à III Divisão, competição onde permanecemos durante duas épocas, e em que após nos classificarmos no 3º posto em 2008/2009 alcançámos o 1º lugar da Série Açores desta competição em (2009/2010). Voltámos assim a ter acesso à 2ª Divisão Nacional onde iremos participar agora pela segunda vez consecutiva, isto após na época transata (2010/2011) termos realizado um Campeonato tranquilo na zona Sul dessa competição, tendo-nos classificado no 8º lugar da competição, onde conseguimos “andar” pelos quatro primeiros lugares durante grande parte da época. Este percurso, que muito nos orgulha, merece um destaque no âmbito da Associação de Futebol da Horta, não só pela regularidade de participação do nosso clube em campeonatos nacionais, como pelo grau de competição atingido. Em síntese, apresenta-se as classificações obtidas nas últimas épocas desportivas:
Época Desportiva
Escalão Competitivo
Classificação Obtida
98/99
III Divisão
5º
99/2000
III Divisão
3º
2000/2001
III Divisão
2º
2001/2002
III Divisão
2º
2002/2003
III Divisão
7º
2003/2004
III Divisão
2º
2004/2005
III Divisão
1º
2005/2006
2ª Divisão
5º
2006/2007
2ª Divisão
9º
2007/2008
2ª Divisão
Desceu à III Divisão
2008/2009
III Divisão
3º
2009/2010
III Divisão
1º (Campeão da Série Açores)
2010/2011
2º Divisão
8º
Quanto às prestações nas provas de apuramento da Taça de Portugal regista-se que o FCM conseguiu sair vitorioso de uma das eliminatórias em que participou nas seguintes épocas: 1979/80, 1995/96 e 1996/97 e 2010/2011. O ponto mais alto atingido, e que honra o historial deste Clube, foi atingido o na época de 2004/2005, onde o FCM chegou à 4ª eliminatória, quedando-se aqui por uma derrota com sabor a vitória (3-4), frente ao União de Leiria da primeira liga, num jogo memorável que se há-de perpetuar na nossa história. Noutra prova, de carácter regional, a Taça Açores, o FCM detém o troféu por duas vezes, nas épocas de 1984/85 e 1996/97. Em paralelo, é de referir que, quanto aos Escalões de Formação, o FCM tem desenvolvido a sua atividade com muita regularidade, tendo iniciado, e mantido, a sua participação em todas as provas associativas desde a época 1985/86 (Juniores e Juvenis), 1992/93 (Iniciados), 1999/2000 (Escolas), 2001/2002 (Infantis e Veteranos). Após o interregno de uma época desportiva (2009/2010), onde não foi possível formar equipa de Juvenis, conseguimos voltar a competir com os cinco escalões de formação (desde os Escolas/Benjamins aos Juniores), situação que continua a verificar-se na presente época. Na história do clube, é ainda de registar uma participação fugaz na categoria de futebol feminino em 2003/2004. Campeonatos conquistados em Provas da AF. Horta:
- Juniores: 1987/88; 1995/96;1999/2000;2003/04
- Juvenis: 1987/88; 2000/01; 2001/02; 2005/06; 2007/08
- Iniciados: 1994/95; 1998/99;1999/2000; 2000/01
- Infantis: 2004/2005; 2005/06; 2007/08
