XVI, na Capela de S. Brás, nos claustros da Colegiada de Nossa Senhora da Oliveira. No início, a Misericórdia era administrada por 13 elementos, sendo o provedor escolhido entre as mais distintas pessoas: descendentes dos duques de Bragança, fidalgos da Casa de Sua Majestade, Cavaleiros do Hábito de Cristo e de Santiago, Priores da Colegiada, Arciprestes, Cónegos, etc.. Os outros 12 elementos – os
“Irmãos da Governança” – eram divididos em irmãos de “1ª Condição”, escolhidos entre a nobreza, e de 2ª Condição”, escolhidos entre o povo. A estes últimos eram cometidas funções que se relacionavam com os mesteres que exerciam. A 31 de Maio de 1588 lança-se a primeira pedra para a edificação da Igreja , casa do despacho e hospital, situados na antiga Rua da Sapateira, actual Rua da Rainha, para onde a Irmandade se mudou em 1606. Com um apoio régio constante, a Misericórdia de Guimarães vai requisitando e expropriando casas nessa rua para ampliação do Hospital, ao mesmo tempo que recebia apoios monetários da câmara e autorizações para pedir esmolas para apoio aos pobres, doentes, presos e desamparados. Quando a peste atingiu a cidade ou as invasões francesas espalharam guerra pelo país, o Hospital da Misericórdia assumiu um papel vital no tratamento e acolhimento dos doentes. A exiguidade das instalações e as novas exigências de salubridade forçaram a Misericórdia a encontrar um novo espaço para o funcionamento do seu Hospital, e em 1842 adquiriu o Convento de Santo António dos Capuchos. Na Casa do Despacho passaram a funcionar os serviços administrativos da Irmandade. Ao longo dos anos, com o apoio dos beneméritos e irmãos, a Misericórdia de Guimarães foi assumindo na cidade uma importante posição de suporte social, com especial incidência nas questões de saúde publica. A centralização do serviço hospitalar foi um grande passo, sendo que o Hospital de Santo António dos Capuchos se tornou Hospital Distrital. Nas últimas quatro décadas, os serviços prestados por esta Misericórdia tomaram outra direcção, mais virada para a assistência social de apoio a idosos e a pessoas com deficiência, tanto pelo trabalho que desenvolve na assistência domiciliária, como pela abertura e remodelação de lares, a saber: Lar Rainha D. Leonor, Centro de Solidariedade Humana Professor Emídio Guerreiro, Lar de S. Paio, Lar Residencial Alecrim, Recolhimento das Trinas e Casa de Repouso de Donim.