As suas primeiras instalações foram em casas contíguas à residência episcopal, nas imediações da actual ponte do Torreão. E foram variando ao longo dos tempos. No início do século XVIII, o Seminário passou a funcionar no chamado «mosteiro novo», casa edificada para convento de religiosas. Com o terramoto de 1748, o edifício tornou-se inabitável. Com a cedência do Colégio dos Jesuítas em 1787, à instância do bispo, o Seminário ficou instalado nesse edifício. Na ocupação da Madeira pelas tropas inglesas (1801), o Seminário foi desalojado, passando a funcionar em dependências arruinadas do velho Paço Episcopal, regressando ao fim de uma dezena de anos ao «mosteiro novo», onde permaneceu até 1909, quando D. Manuel Agostinho Barreto concluiu a primeira parte das instalações do Seminário na cerca do antigo Convento da Encarnação. Com a extinção do Seminário, em 1911, o Seminário voltou a uma vida nómada: «mosteiro novo», ruínas da antiga Casa Episcopal, Quinta do Trapiche. Só em Outubro de 1933 é que o Seminário pôde voltar a funcionar na casa que D. Manuel Agostinho Barreto mandara construir. Em 1958, o Seminário passou a funcionar em dois edifícios distintos: o Seminário Menor, no edifício da Encarnação, até 1974 (data em que foi ocupado pela Revolução de 25 Abril), confiado à protecção da Nossa Senhorada Encarnação, e o Seminário Maior, no antigo Hotel Bela Vista, adquirido pela Diocese para esse fim, confiado à protecção de Nossa Senhora de Fátima. A partir de 1969, os alunos do Curso Teológico começaram a frequentar a Universidade Católica, em Lisboa, de modo que no Seminário Maior passaram a residir os alunos dos últimos anos do então curso liceal, juntamente com todos os alunos do Seminário Menor a partir de 1974. Desde 1987, os alunos do sexénio de preparação para o presbiterado repartiam-se entre o Funchal e Lisboa. Os seminaristas do primeiro biénio frequentavam a Escola Teológica da Diocese do Funchal, residindo no edifício do Jasmineiro com os do 3º ciclo do Ensino Básico e os do Secundário. Os seminaristas prosseguiam a sua formação para o ministério pastoral no Seminário Maior Patriarcal de Cristo-Rei dos Olivais, em Lisboa, frequentando a Faculdade de Teologia da Universidade Católica Portuguesa. Desde o ano lectivo de 2009/2010, os seminaristas passaram a frequentar o seminário de S. José de Caparide a fim de frequentarem o ano propedêutico e os dois primeiros anos do curso de Teologia. Deste modo, os seminaristas do Funchal passaram a fazer todo o seminário maior nos seminários da diocese de Lisboa.
