A Associação Nacional de Estudantes de Química começou por surgir no último dia do I ENEQUI, em Coimbra, onde, na primeira Assembleia de Estudantes de Química em Portugal, surgiu essa ideia por parte dos estudantes de Coimbra. Nesta altura, em Março de 2013, apenas existiam Núcleos de Estudantes de Química nas Universidades de Coimbra, Aveiro, Beira Interior e Minho. Infelizmente, o Núcleo desta última Universidade dissolveu-se pouco tempo depois, não tendo voltado a reconstituir-se. Menos de um ano depois, os três Núcleos referidos anteriormente, juntamente com o recém-criado Núcleo de Estudantes de Química da Universidade do Porto, criaram oficialmente a ANEQ, no dia 28 de Fevereiro de 2014. No dia 30 de Março, último dia do II ENEQUI, na Covilhã, toma posse a primeira Direcção, Mesa da Assembleia e Conselho Fiscal da Associação Nacional.
