Założycielami Polskiego Towarzystwa Gleboznawczego byli: prof. Feliks Terlikowski (Uniwersytet Poznański), prof. Jan Włodek (Uniwersytet Jagielloński) i dr Tadeusz Mieczyński (Państwowy Instytut Gospodarstwa Wiejskiego w Puławach). Pierwsze Walne Zgromadzenie w 1937 roku zatwierdziło statut Towarzystwa, określiło główne kierunki jego działania oraz wybrało prof. F. Terlikowskiego pierwszym prezesem Towarzystwa, który pełnił tą funkcję do 1946 roku. Kolejnymi prezesami Towarzystwa byli: Arkadiusz Musierowicz (1947-49), Marian Górski (1949-61), Lucjan Królikowski (1962-87), Stanisław Moskal (1987-95), Piotr Skłodowski (1995-2011), Zbigniew Zagórski (2011-).
Prace Towarzystwa reaktywowano w 1946 roku. W latach 1946-1950 powstają Oddziały Towarzystwa w Krakowie, Lublinie, Bydgoszczy-Poznaniu i Puławach, a w latach 1953-1955 w Wrocławiu, Olsztynie, Warszawie i Szczecinie. Prócz działającej stale Komisji Klasyfikacji i Nomenkulatury Gleb i Komisji Ujednolicania Metod Badania Żyzności Gleb powoływane są zespoły w celu wykonywania określonych zadań. W tym okresie organizowane są zjazdy i konferencje terenowe oraz prowadzono badania w zakresie gleboznawstwa, ochrony i racjonalnego gospodarowania gruntami. W programie prac zaprojektowano ujednolicenie najważniejszych metod badawczo-laboratoryjnych i terenowych w gleboznawstwie i chemii rolnej, ujednolicenie słownictwa i nomenkulatury gleboznawczej, kartografii gleb, zasad ochrony gleb.
Duże zasługi w rozwój Towarzystwa położył prof. M. Górski pełniący funkcję jego prezesa w latach 1949-1961. W tym okresie zaczęły wychodzić w 1950 roku Roczniki Gleboznawcze oraz w 1955 roku pismo referatowe Przegląd Naukowej Literatury Rolniczej i Leśnej. Był On inicjatorem utworzenia wojewódzkich stacji chemiczno-rolniczych w Polsce oraz niestrudzonym popularyzatorem wiedzy rolniczej i autorem wielu publikacji naukowych. W tym czasie prowadzone są również na dużą skalę prace kartograficzne. W latach 1949-1950 na zlecenie ministra rolnictwa gleboznawcy całej Polski pod redakcją prof. J. Tomaszewskiego opracowali mapę gleb Polski w skali 1:1 000 000, a następnie w latach 1951-1960 pod redakcją prof. A. Musierowicza mapę gleb Polski w skali 1:300 000. W 1954 roku utworzono, liczący około 25 osób, Komitet Gleboznawstwa i Chemii Rolnej przy V Wydziale Nauk Rolniczych i Leśnych PAN, którego przewodniczącym został prof. A. Musierowicz. Do 1961 roku Walne Zebrania Delegatów połączone ze zjazdami naukowymi Towarzystwa odbywały się corocznie lub co dwa lata. Zjazdy naukowe organizowane były w różnych częściach Polski przez kolejne Oddziały Towarzystwa. W latach 1952–1961 powołano nowe oddziały: wrocławski, olsztyński, warszawski i szczeciński. W roku 1959 opracowano i zatwierdzono nowy statut, w myśl którego Zarząd Główny rozszerzono o przewodniczących oddziałów, w Walne Zgromadzenie stanowią wybrani delegaci, a nie jak dotychczas wszyscy członkowie.
Po śmierci prof. M. Górskiego w 1961 roku prezesem Towarzystwa został prof. L. Królikowski. Na kształt i działalność Towarzystwa znaczący wpływ wywarła osobowość prof. L. Królikowskiego, pełniącego funkcję prezesa Zarządu Głównego w latach 1961-1987. Dzięki swej zapobiegliwości i pracowitości przyczynił się do jego szerokiego rozwoju i postawił je w rzędzie najbardziej znanych towarzystw naukowych w Polsce. Towarzystwo przed wojną liczyło 44 członków, w latach 1955-1960 ponad 400, a w latach siedemdziesiątych ponad 1000 członków. W latach 1961 – 1969 powołano Oddziały Towarzystwa w Łodzi, Gdańsku, Bydgoszczy, Koszlinie, Białymstoku, Katowicach, a w latach 1979-1980 dwa następne w Siedlcach i Zielonej Górze. W roku 1960 Towarzystwo – dzięki usilnym staraniom prof. L. Królikowskiego – uzyskało własny lokal z telefonem przy ul. Wiśniowej 61. Członkowie Towarzystwa brali aktywny udział w VIII Kongresie Międzynarodowego Towarzystwa Gleboznawczego w Bukareszcie, w 1964 roku. Komisja V (Genezy, Klasyfikacji i Kartografii Gleb) zorganizowała zjazdy naukowe pod hasłami: �Geneza i typologia gleb Polski środkowej� w 1970 roku oraz �Rola Sławomira Miklaszewskiego w rozwoju nauki o glebie� w 1974 roku z licznym z udziałem gości z Francji, CSRS, NRD, Rumunii, Węgier i ZSRR
W 1974 roku ukazała się Systematyka Gleb Polski, opracowana przez 12-osobowy zespół Komisji V, jako osobny zeszyt Roczników Gleboznawczych. W 1976 roku wydano Pięciojęzyczny słownik gleboznawczy pod red. T. Komornickiego, zawierający 1428 haseł z odpowiednikami angielskimi, francuskimi, niemieckimi i rosyjskimi, a w 1986 roku wydano Album Gleb Polski pod red. prof. L. Królikowskiego. W latach siedemdziesiątych i osiemdziesiątych aktywną działalność prowadziło 7 Komisji Naukowych i 28 Zespołów Roboczych Towarzystwa. W 1974 roku 94 członków PTG wzięło udział w 10. Kongresie ISSS w Moskwie. Wielu uczestników z Polski brało również udział w pokongresowej konferencji terenowej Don–Wołga na trasie Rostów–Kazań. W 1986 roku odbył się XIII Kongres Międzynarodowego Towarzystwa Gleboznawczego w Hamburgu. Wzięła w nim udział 24 osobowa grupa gleboznawców z Polski pod przewodnictwem wiceprezesa PTG prof. S. Moskala, która zaprezentowała 7 referatów i 17 posterów. W 1978 roku w Edmonton w Kanadzie na 11. Kongresie ISSS prof. Lucjan Królikowski został wpisany na listę Członków Honorowych Międzynarodowego Towarzystwa Gleboznawczego (ISSS).
Po śmierci prof. L. Królikowskiego w 1987 roku prezesem Towarzystwa został wybrany prof. S. Moskal, który pełnił tę funkcję do roku 1995. W 1989 roku odbył się Zjazd Jubileuszowy 50-lecia Polskiego Towarzystwa Gleboznawczego w Warszawie. Z tej okazji drugi zeszyt 24 tomu Roczników Gleboznawczych poświęcono historii Polskiego Towarzystwa Gleboznawczego, polskiego gleboznawstwa i chemii rolnej. W 1989 roku ukazało się czwarte wydanie Systematyki gleb Polski, opracowane przez 17-osobowy zespół Komisji V jako osobny zeszyt Roczników.
W latach 1995–2011 prezesem Towarzystwa był prof. Piotr Skłodowski. W 1999 roku w Lublinie odbył się 25 Kongres Polskiego Towarzystwa Gleboznawczego wraz z Międzynarodową Konferencją Naukową pod hasłem Rola gleb w funkcjonowaniu ekosystemów. W Kongresie wzięło udział 373 uczestników krajowych i 43 zagranicznych z 19 krajów. W latach 1995-2007 nastąpił znaczny rozwój współpracy Polskiego Towarzystwa Gleboznawczego z Towarzystwami Gleboznawczymi innych krajów. W roku 2001 Towarzystwo podpisało umowę o współpracy z Towarzystwami Gleboznawczymi Rosji i Litwy, w 2002 roku z Amerykańskim i Tureckim, a w 2005 z Ukraińskim Towarzystwem Gleboznawczym. Natomiast wcześniej, bo już w roku 1996 nasze Towarzystwo podpisało umowę o współpracy z Niemieckim Towarzystwem Gleboznawczym. Współpraca między Towarzystwami w ramach umów dotyczy głównie: wzajemnej wymiany materiałów naukowych i informacji o konferencjach naukowych, szkoleniach, warsztatach roboczych, udziału przedstawicieli Towarzystw w krajowych Kongresach Gleboznawczych, organizowania wspólnych konferencji naukowych i seminariów. Zwykle około 20 polskich gleboznawców bierze aktywny udział w kolejnych Kongresach Międzynarodowego Towarzystwa Gleboznawczego (obecnie IUSS). W 2003 roku w Krakowie odbył się 26 Kongres Polskiego Towarzystwa Gleboznawczego wraz z Międzynarodową Konferencją Naukową. Wzięło w nim udział 300 uczestników krajowych i 30 zagranicznych.
W dniach 3–7 września 2007 roku odbył się w Warszawie 27. Kongres związany z 70-leciem PTG połączony z międzynarodową konferencją naukową pt. „Gleba w czasie i przestrzeni”. Wzięło w nim udział 270 uczestników z Polski i 20 z zagranicy. W dniach 5–11 września 2011 roku odbył się Kongres PTG w Toruniu połączony z międzynarodową konferencją nt. „Gleba – Człowiek – Środowisko”. W Kongresie wzięło udział ponad 180 uczestników z Polski i 10 z zagranicy. W latach 1995–2011 członkowie PTG aktywni uczestniczyli w Kongresach IUSS: w 1998 roku w Montpellier (Francja) – 33 osoby, w 2002 roku w Bangkoku (Tajlandia) – 12 osób, w 2006 roku w Filadelfii (USA) – 5 osób, w 2010 roku w Brisbane (Australia) – 7 osób.
W 2008 roku Zarząd PTG zatwierdził nową klasyfikację uziarnienia gleb opracowaną przez zespół pod przewodnictwem prof. Cezarego Kabały, a w 2011 roku przygotowano 5. wydanie Systematyki Gleb Polski opracowane przez 6-osobowy zespół pod przewodnictwem prof. Jerzego Marcinka.
W czasie Kongresu w Toruniu w 2011 roku wybrano nowy Zarząd Główny z Prezesem dr hab. Zbigniewem Zagórskim. Powołano 4 działy naukowe: (I) Gleby w czasie i przestrzeni, (II) Procesy i właściwości gleb, (III) Użytkowanie gleb oraz (IV) Rola gleby w społeczeństwie i środowisku. W ramach poszczególnych działach pracowały komisje i zespoły.
W 2012 roku na Uniwersytecie Rolniczym im. Hugona Kołłątaja w Krakowie powstało Centrum Edukacji Gleboznawczej i Muzeum Gleb. W tym samym roku wydano kronikę z okazji 75-lecia PTG opracowaną przez prof. Piotra Skłodowskiego przy współpracy z prof. Józefem Chojnickim i autorami z poszczególnych oddziałów PTG. W 2015 roku wydano podręcznik „Gleboznawstwo” pod redakcją prof. Andrzeja Mocka opracowany przez 23 autorów. Od grudnia 2011 roku wydawany jest jako kwartalnik biuletyn informacyjny PTG „Czarna Ziemia”. Redaktorami są prof. Cezary Kabała i prof. Marek Drewnik. W 2014 roku w Jeju (Korea Południowa) odbył się 20. Kongres IUSS. Z Polski brało w nim udział 8 osób.
We wrześniu 2015 roku odbył się we Wrocławiu 29. Kongres PTG połączony z międzynarodową konferencją naukową pt. „Zasoby glebowe a zrównoważony rozwój”. W trakcie Kongresu wybrano nowy Zarząd Główny na lata 2015–2019 z Prezesem prof. Zbigniewem Zagórskim.
