W latach 1999-2000, w związku z inicjatywą premiera Jerzego Buzka ustanowienia Nagrody Pro Publico Bono, jej organizatorem była Kancelaria Prezesa Rady Ministrów. W ciągu dwóch lat inicjatywa rozwinęła się na tyle, że potrzeba było stworzyć osobny podmiot, który zająłby się przygotowaniem i prowadzeniem Konkursu. W 2001 roku, w ślad za postulatami Izabeli Dzieduszyckiej, Krzysztofa Pawłowskiego i Jana Nowaka-Jeziorańskiego powstała Fundacja Konkurs Pro Publico Bono. Przewodniczącym Kapituły Nagrody Pro Publico Bono został prof. Andrzej Zoll, ówczesny Rzecznik Praw Obywatelskich, a Przewodniczącym Rady Fundacji prof. Z czasem Fundacja podjęła się kolejnych funkcji, stała się między innymi swoistym inkubatorem działań i programów obywatelskich (niektóre z nich zyskały potem własne ramy organizacyjne). Od początku tworzenia Nagrody Pro Publico Bono oraz instytucji konkursowej główną rolę programotwórczą, a w pierwszym okresie także organizacyjną, spełniało Centrum im. Mirosława Dzielskiego. W 2001 roku Konkurs Pro Publico Bono otrzymał Nagrodę "Totus", przyznawaną wtedy po raz pierwszy przez Fundację Dzieło Nowego Tysiąclecia - za propagowanie nauczania Ojca Świętego Jana Pawła II. W związku ze znaczącym poszerzeniem pola działania, organizacja przyjęła nową nazwę: FUNDACJA INSTYTUT PRZESTRZENI OBYWATELSKIEJ PRO PUBLICO BONO.
