Od początku swojego istnienia Towarzystwo działa jako organizacja pozarządowa (NGO) na prawach stowarzyszenia. Jego członkami zostało ponad 130 wybitnych uczonych, autorytetów i specjalistów z wielu dziedzin nauki, znawców dziejów i współczesnego oblicza naszej części Europy, osób od lat inicjujących dialog między narodami i społeczeństwami regionu. Za patronów idei środkowo-wschodnioeuropejskiego
dialogu, która przyświeca od lat działalności Towarzystwa, uznajemy Oskara Haleckiego, Jerzego Giedroycia oraz Jana Pawła II. Z ich dorobku czerpaliśmy inspirację do działalności na rzecz integracji europejskiej oraz zbliżenia między krajami naszego regionu. Głównym celem działalności Towarzystwa jest prowadzenie oraz popularyzacja badań naukowych zmierzających do zwiększenia wiedzy o Europie Środkowo-Wschodniej zarówno u jej mieszkańców, ale także wśród odbiorców z całej Europy i spoza niej. W swej pracy zwracamy szczególną uwagę na dziejowe procesy kształtujące przez stulecia tożsamość oraz kulturową różnorodność Europy Środkowo-Wschodniej, które są kluczem do analizy dzisiejszych procesów politycznych i społecznych. Owocem naszej działalności jest ponad 150 publikacji naukowych z wielu dziedzin, w tym pionierskie syntezy dziejów naszego regionu, które stały się wizytówką ośrodka. Towarzystwo zorganizowało kilkadziesiąt konferencji, kongresów i sympozjów, niejednokrotnie w bliskiej współpracy z najwyższymi władzami Rzeczpospolitej Polskiej i innych krajów. Prowadzimy aktywną działalność w skali międzynarodowej poprzez wydawanie publikacji w językach kongresowych i organizację spotkań poza granicami Polski. Jako stowarzyszenie łączące ambicje placówki badawczej z misją ośrodka promującego ideę Europy Środkowo-Wschodniej, współpracujemy z wieloma zagranicznymi instytucjami oraz środowiskami opiniotwórczymi, tworząc platformę współpracy i wymiany myśli. Z inicjatywy naszego ośrodka już w 1993 roku powołano Międzynarodową Federację Instytutów Europy Środkowo-Wschodniej, która jest siecią ośmiu organizacji pozarządowych działających na Litwie, Białorusi, Ukrainie, Węgrzech, w Polsce, Czechach i Słowacji, a której centrum znajduje się w Lublinie. Stworzona Federacja ma za zadanie uczestniczyć w tworzeniu nowej jakości nie tylko w stosunkach naukowych między krajami naszego regionu, ale także w budowie więzów o charakterze kulturalnym i politycznym. Federacja współpracowała blisko z UNESCO, a od 1999 roku została afiliowana przy tej międzynarodowej organizacji.
