يتألف جهاز جمعية كشافة المبرات من ثلاث هيئات:
1- الجمعية العمومية وتتألف من اثنين وثلاثين عضواً.
2- الهيئة الإدارية وتتألف من سبعة أعضاء.
3- المفوضية العامة وتضم:
1- مفوضية بيروت وجبل لبنان وتضم عشرة أفواج كشفية،
2- مفوضية الجنوب والنبطية وتضم تسعة أفواج كشفية،
3- مفوضية البقاع ضم عشر أفواج كشفية،
4- مع الإشارة إلى أنَّ هذه الأفواج أنشأت داخل مؤسسات جمعية المبرات الخيرية التعليمية والرعائية
بالإضافة إلى المؤسسات التابعة لمكتب سماحة السيد محمد حيسن فضل الله(رض),ويعمل الآن على تأسيس أفواج جديدة في القرى والبلدات .
5- مع الإشارة إلى أن مفوضية بيروت وجبل لبنان تضم فوجاًخاصاً بذوي الإحتياجات الخاصة تابع لمؤسسة الهادي للإعاقة السمعية والبصرية منذ انطلاقة الجمعية .
