Dikarenakan adanya pertimbangan tertentu dan Sekayu merupakan Ibu Kota Kabupaten. Maka pada tahun 1993 Madrasah Tsanawiyah Negeri Sekayu Filial dari Bumiayu berdiri sendiri menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Sekayu. Berdirinya Madrasah Tsanawiyah Negeri Sekayu juga tidak lepas dari keberadaan Pendidikan Guru Agama 4 Tahun yang bubar menjadi Madrasah ( MMP ) pada tahun 1981. Gedung dan tanah tempat
lokasi MTs.Negeri Sekayu berada sekarang ini adalah lokasi PGA 4 Tahun. Negeri Sekayu juga tidak lepas dari keinginan masyarakat sekayu, agar di Ibu kota Kabupaten ini ada Sekolah Agama Tingkat Menengah. Mewujudkan Cerdas, Akhlaqulkarimah, Wawasan yang Islami:
Indikator Visi yang diharapkan dapat dicapai:
a. Ilmu pengetahuan kealaman kewahyuan
2. Terampil pada komputer dan internet
3. Akademis dan non-akademis
b. Akhlaqulkarimah Dalam:
4. Berpakaian secara Islami
5. Berbicara berlandaskan ajaran Islam
6. Bergaulan berlandaskan ajaran Islam
c. Bewawasan: 7. Nilai-nilai yang bersifat lokal
8. nilai-nilai yang bersifat global
9. antisipasi arus informasi yang merugikan
