Ketika itu Direktorat Jenderal P4M dibawah pimpinan Prof. Sulianti Saroso selalu mengadakan Pelatihan dan Seminar Surveilans Epidemiologi setiap tahun. Pada bulan Oktober 1970, para peserta yang menamakan dirinya sebagai Epidemiologist Ciloto, memunculkan satu resolusi untuk membentuk perkumpulan epidemiologi di Indonesia. Ide dan gagasan tersebut terus berlanjut semakin kuat ketika Prof. Buchari
Lapau sebagai Sekretaris Proyek Morbiditas dan Mortalitas Universitas Indonesia (PMM UI) waktu itu mendirikan Jaringan Epidemiologi Nasional (JEN) yang anggotanya terdiri organisasi-organisasi yang kegiatannya berkaitan dengan epidemiologi. Dalam perjalannya gagasan itu terus berkembang setelah pertemuan antara Dr. I Nyoman Kandun, MPH dan Prof. Buchari Lapau di Kabupaten Brebes, Jawa Tengah ketika mengerjakan kajian epidemiologi di wilayah kerja Puskesmas Kersana dan Kemurang Wetan Kec. Hasrat dan kemauan untuk mendirikan Perhimpunan Ahli Epidemiologi Indonesia kemudian terus berkembang di lingkungan FKM UI dan Ikatan Ahli Kesehatan Masyarakat (IAKMI). Beberapa orang berinisiatif membahas suatu draf Anggaran Dasar PAEI. Peresmian berdirinya PAEI terwujud pada tanggal 14 Maret 1989 di kampus Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Indonesia (FKM UI) Depok, setelah 19 tahun sejak gagasan ini dilontarkan di Ciloto. Pada waktu itu berturut-turut memberikan sambutan Dr. Fahmi D. Saifuddin (almarhum) selaku Dekan Fakultas Kesehatan Masyarakat UI, Dr. Alex Papilaya, DTPH selaku Ketua Ikatan Ahli Kesehatan Masyarakat Indonesia, Prof.Dr. J. Sulianti Saroso, MPH, DR. PH selaku mungkin orang pertama yang mengembangkan Epidemiologi di Indonesia mengucapkan pidatonya. Teks pidato beliau yang ditulis tangan menyatakan: “Demikian saudara-saudara, dapat sdr mengerti perasaan senang hati saya, bahwa saya dapat mengalami berdirinya PAEI dan dengan ini masih mendapat kesempatan untuk membantu mengembangkan penggunaan epidemiologi dalam memecahkan masalah-masalah kesehatan dalam merencanakan program kesehatan di Indonesia.”
Dengan peresmian berdirinya PAEI tersebut, setiap tanggal 14 Maret diresmikan sebagai Hari Ulang Tahun PAEI. Pada awal pendirian sebagai organisasi yang bernaung di bawah IAKMI, PAEI menempati kantor IAKMI di Gedung Muchtar, Jalan Pegangsaan Timur 16 Jakarta. Di kantor tersebut PAEI dapat melakukan kegiatan-kegiatan administrasi, pelatihan dan mempersiapkan seminar-seminar. Kegiatan pertama PAEI adalah melakukan Pelatihan Epidemiologi kepada para dokter Puskesmas di Provinsi Bali pada bulan September 1989. Sebagian topik dalam Pelatihan tersebut kemudian dimasukkan dalam buku:”Epidemiologi dalam Manajemen Pelayanan Kesehatan pada tingkat Puskesmas dan Posyandu.”
Untuk selanjutnya PAEI menyelenggarakan berbagai seminar dan pertemuan ilmiah baik berskala nasional maupun internasional. Pada tanggal 9-10 Oktober 1990 PAEI menyelenggarakan seminar nasional bertema: ”Transisi Epidemiologi dan Prospek Pelayanan Kesehatan di Indonesia.” Seminar ini membahas transisi epidemiologi, transisi demografi, transisi lingkungan, transisi sosial ekonomi dan transisi pelayanan kesehatan. Pembicara transisi epidemiologi berasal dari para ahli epidemiologi dan pejabat dari Departemen Kesehatan dan PAEI. Pembicara transisi demografi adalah para ahli dari Lembaga Demografi UI. Pembicara transisi lingkungan adalah Prof Dr. Emil Salim yang pada waktu itu menjabat sebagai Menteri Negara Lingkungan Hidup. Pembicara transisi sosial ekonomi adalah para ahli dari Fakultas Ekonomi UI. Para pembicara tentang prospek pelayanan kesehatan adalah para ahli dan pejabat dari Departemen Kesehatan. Hasil dari seminar ini dibukukan dengan judul “Hasil Seminar Transisi Epidemiologi dan Prospek Pelayanan Kesehatan” yang membahas hubungan masing-masing transisi tersebut dengan kemungkinan seperti apa pelayanan kesehatan yang akan datang. Pada bulan September 1989 terjadi pertemuan antara Dr. Ray Carlaw yang pada waktu itu sebagai Konsultan pengembangan FKM-FKM di Indonesia, Dr. Roger Detels sebagai Bendaharawan IEA dan Prof. Buchari Lapau yang membicarakan persiapan kesanggupan PAEI untuk menyelenggarakan pertemua IEA di Indonesia. Berdasar pertemuan tersebut PAEI diberikan kepercayaan oleh IEA untuk: 1) membuat announcement mengundang para peserta; 2) memilih abstrak dari para peserta untuk presentasi oral dan poster; dan 3) memilih peserta yang akan diberikan travel fellowship sesuai dengan biaya yang disediakan oleh IEA. Segala sesuatu yang berhubungan dengan persiapan, perencanaan dan pelaksanaan pertemuan tersebut diserahkan kepada PAEI dengan berkonsultasi kepada Dr. Roger Detels.Seperti pertemuan internasional lazimnya PAEI mempersiapkan segala sesuatu termasuk membuat buku panduan pertemuan untuk berlangsungnya “South East Asia Regional Scientific Meeting of the IEA di Bali 19-24 Januari 1992,” yang tidak saja dihadiri peserta dari Asia Tenggara, tetapi juga dari wilayah lainnya. Pada waktu pertemuan itu dilaksanakan.Pertemuan internasional epidemiologi yang bersejarah di Indonesia berikutnya adalah “INCLEN, FETP and IEA Meeting” yang dilaksanakan di Bali pada tanggal 19-24 Januari 1992. Peserta INCLEN (International Clinical Epidemiology) dari Indonesia diwakili oleh Unit Biostatistik dan Epidemiologi Klinik Fakultas Kedokteran Gajah Mada, FETP (Field Epidemiology Training Program) diwakili oleh FETP, Ditjen PPM dan PLP Departemen Kesehatan RI dan IEA (International Epidemiological Association) diwakili oleh PAEI. Seiring dengan perkembangan situasi yang terjadi di Indonesia, kegiatan PAEI pernah mengalami pasang surut. Setelah tahun 1992 kegiatan PAEI tidak lagi ada yang menonjol dan kantor PAEI tidak lagi di kantor IAKMI di Gedung Mochtar. Kemudian kantor PAEI dipindahkan ke Ditjen PPM dan PL Departemen Kesehatan RI Jakarta. Pengurus Pusat PAEI Pertama dipimpin oleh Prof. Selama kepemimpinannya, PAEI mendirikan cabang Ujung Pandang, menambah beberapa anggota dari berbagai provinsi dan memberikan Kartu Anggota yang langsung dari Pengurus Pusat PAEI. Disamping itu pada tahun 1997, PAEI berhasil membuat kurikulum untuk program pendidikan pascasarjana FETP yang berbeda dari program-program FETP sebelumnya. PAEI kemudian mengadakan Musyawarah Nasional (Munas) untuk pertama kalinya di Jakarta pada tahun 2004 dan terpilih sebagai Ketua Umumnya adalah dr. I Nyoman Kandun, MPH untuk periode 2004-2007. Selama periode ini terdapat penambahan Cabang dan anggota baru di Jawa Timur, DI Yogyakarta, Sulawesi Tenggara dan Sumatera Selatan. Munas II PAEI dilaksanakan pada tanggal 1-2 November 2008 dan menghasilkan berbagai perubahan yang mendasar yaitu dengan ditetapkannya masa kepengurusan Pengurus Pusat PAEI untuk 4 tahun. Pengurus Pusat PAEI Periode 2008-2012 terpilih kembali sebagai Ketua Umumnya adalah dr. I Nyoman Kandun, MPH.
