Sekolah Tinggi Filsafat Theologi Jakarta adalah perguruan tinggi teologi yang tertua di Indonesia. Sekolah ini didirikan pada tanggal 9 Agustus 1934 di Bogor dengan nama Hoogere Theologische School (HTS). Mülller-Krüger, pejabat rektor STT Jakarta (rektor pertama adalah Dr. J.R. Sloetemaker de Bruine), pada tahun itu juga mendengungkan apa yang disebutnya 'theologia in loco', teologi yang diharapkan tidak asing bagi Indonesia dan yang dapat berbuah bagi Gereja-gereja di Indonesia. Pada waktu itu masa pendidikan berlangsung enam tahun dan diharapkan dapat menghasilkan pendeta bangsa Indonesia dalam waktu yang sesingkat mungkin dan hasil sebaik mungkin. Antara tahun 1942-1945, pada masa pendudukan Jepang, dosen-dosen HTS ini ditawan dan perkuliahan pun terhenti. Ketika dibuka kembali pada tahun 1946, sangat terasa kebutuhan untuk mendidik sebanyak mungkin tenaga Indonesia dalam waktu yang singkat, untuk pelayanan gereja-gereja di masa depan. Program pendidikan pun diarahkan kepada wawasan ekumenis. Ketika Republik Indonesia diproklamasikan, HTS dikembangkan menjadi suatu lembaga pendidikan teologi yang sepenuhnya setaraf dengan pendidikan universitas. Pada tanggal 27 September 1954 nama HTS diubah menjadi Sekolah Tinggi Teologi Jakarta, dan sejak itu tanggal tersebut diambil menjadi tanggal peringatan berdirinya STFT Jakarta. Pada tahun itu untuk pertama kalinya ijazah SMA dituntut sebagai syarat masuk STFT Jakarta. Bahasa Indonesia resmi digunakan menggantikan bahasa Belanda. Sifat ekumenis sekolah ini menjadi semakin jelas. Jabatan rektor ditangani secara bergiliran oleh dosen-dosen Indonesia. Mahasiswa pun datang dari pelbagai penjuru tanah air. Sekolah ini diasuh oleh Yayasan Lembaga Perguruan Tinggi Teologi di Indonesia (YLPTTI). Maksud dan tujuan YLPTTI dan STFT Jakarta adalah mengusahakan dan menyelenggarakan pendidikan tinggi teologi di Indonesia sebagai tempat pembinaan teologi dengan mengelola pendidikan teologi, untuk melayani Gereja dalam melaksanakan tugas panggilannya di tengah-tengah masyarakat. Pada tahun 1958 STFT Jakarta membuka program studi lanjutannya sendiri, dan sejak 1966 juga mengembangkan program studi lanjutan South East Asia Graduate School of Theology (SEAGST), dalam rangka konsorsium sekolah-sekolah teologi di Asia Tenggara yang cukup berhasil mengalihkan arus studi lanjutan ke kawasan Asia sendiri. Sekitar tahun 2003, STFT Jakarta mengembangkan program Pusat Pembelajaran Warga Gereja (PPWG). Program ini dimaksudkan untuk melaksanakan kegiatan Pendidikan dan Latihan bagi gereja khususnya bagi warga gereja yang berada di DKI Jakarta dan sekitarnya. Para mahasiswa STFT Jakarta diutus oleh gereja ataupun lembaga gerejawi, sehingga sebagian besar kembali melayani gereja atau bekerja pada lem-baga pengutus masing-masing. Perpustakaan STFT Jakarta berdasarkan laporan tahun 2018, mengoleksi 64.870 eksemplar dengan koleksi 33.522 judul buku cetak, koleksi digital, serials (termasuk e-journal), dan lainnya. Jumlah ini membuatnya menjadi salah satu perpustakaan teologi terlengkap di Indonesia. HIngga saat ini, STFT Jakarta terus berupaya keras untuk mengembangkan pendidikan, penelitian, dan pengembangan ilmu teologi dan ilmu-ilmu lain yang terkait, agar dapat terus berdiri di barisan depan pendidikan teologi di Indonesia.
