A Pannónia Könyvek sorozat, a lúdtollat tartó stilizált kezet tartalmazó logóval 1985-ben indult útjára a Baranya Megyei Könyvtár kiadásában, Tüskés Tibor író, irodalomtörténész irányításával. 1991-ben - a kiadói munka segítésére - létrejött a Pro Pannonia Kiadói Alapítvány, amely 1996-tól - mint a korábbi felelős kiadó jogutódja, önálló jogi személyként - átvette a sorozat gondozását, sőt, azt újabbakkal is bővítette. Az egykor "Pécs jelenségnek" indult tevékenysége alapítása óta már túllépte a megye, a régió, az ország határait, ám változatlanul munkája középpontjában az egyszerre helyi és egyetemes értékek feltárása és közkinccsé tétele áll. Ennek érdekében pályázatokat ír ki, ösztöndíjakat adományoz, könyvkiadói tevékenységet folytat, irodalmi esteket, fórumokat, szakmai műhelybeszélgetéseket szervez, aktív részese a helyi és az országos kulturális életnek. A Kiadónak másfél évtizede - változatlanul - meghatározó profilja a kortárs szépirodalom, az irodalomelméleti és -történeti munkák gondozása. Az évente megjelent címek száma 15-18, csaknem valamennyi már keménytáblás, cérnafűzött kivitelű, számos kiadvány gazdag illusztrációs anyagot is tartalmaz. A szerzők sorában a pécsi, baranyai és a dél-dunántúli (főként somogyi) írók és költők mellett (Csorba Győző, Pákolitz István, Takáts Gyula, Tüskés Tibor és mások) számos hazai (Czigány György, Kautzky Norbert, Fodor András, Szepesi Attila) és határon túli szerző (például Balla D. Károly, Major-Zala Lajos), országosan ismert szakember (Kamarás István, Zentai Tünde, Vonyó József) is megtalálható. A Kiadó gondozásában láttak napvilágot az ún. Pécs központú irodalom - többnyire ma már nem élő - alkotóinak művei is, így többek között Arató Károly, Bárdosi Németh János, Galambosi László, Hallama Erzsébet, Várkonyi Nándor, Pál József és mások írásai. A kiadó gazdag helytörténeti kínálattal rendelkezik Pécs és Baranya múltjáról, művelődéstörténetéről. A Kiadónak jelenleg öt önálló sorozata létezik:
- az egyrészt hagyatékokban fennmaradt anyagokat közreadó, másrészt a művelődés- és irodalomtörténet eddig kevésbé vagy egyáltalán nem ismert vonatkozásait feldolgozó Irodalmunk forrásai,
- a különböző tudományágakat képviselő oktatók és kutatók legjobb teljesítményeit tartalmazó Pécsi Tudománytár, valamint
- az egyetemi és főiskolai oktatásban használatos Pannónia Tankönyvek elnevezésű sorozat. A Kiadó 2006-ban és 2007-ben további két sorozatot indított útjára:
- a Bauhaus pécsi mesterei azon művészek munkásságát dolgozza fel és adja közre, akik a 20. századi egyetemes művészet kiemelkedő rangú, nem egy esetben világhírű képviselőivé váltak, s akiknek tevékenysége valamilyen módon kötődött Pécshez, a húszas évek elején itt működő művészkörhöz, s akiket a magyar bauhäuslerek viszonylag koherens csoportjaként tart számon a művészettörténet.
- A Dél-Dunántúl festett templomainak komplex tudományos feldolgozását és az emlékanyag részletes bemutatását célzó sorozat köteteinek szerzője Zentai Tünde, a Szentendrei Szabadtéri Néprajzi Múzeum főmunkatársa, az MTA doktora
A Pro Pannonia kiadásában jelennek meg továbbá a Pécsi Tudományegyetem két irodalomtudományi műhelye, a Klasszikus Irodalomtörténeti és Összehasonlító Irodalomtudományi Tanszék és a Modern Irodalomtörténeti és Irodalomelméleti Tanszék Thienemann-előadások elnevezésű sorozatának kötetei (sorozatszerkesztő: Nagy Imre, egyetemi tanár), melyek főként az irodalom és a különböző művészeti ágak kapcsolatára, ill. a művek történetileg változó értelmezésére koncentrálnak. A Pro Pannonia Kiadó könyvei országos terjesztésre kerülnek, közülük többel megismerkedhettek már az erdélyi, a horvátországi, a felvidéki olvasók, sőt a Kiadó frankfurti bemutatkozásainak eredményeként a németországi könyvbarátok is.
