Organizacija održava podjelu između volonterskog rada svojih članova i mlađih suradnika, te profesionalnog uredskog rada; članovi (uključujući predsjednika, pravnike itd.) rade na strogo volonterskoj osnovi, a zaposlenici nisu članovi udruženja. Time organizacija osigurava vjernost svojoj glavnoj misiji i sprečava premještanje ciljeva prema kratkoročnijim ili užim interesima. HHO je član Međunarod
ne helsinške federacije, Mreže kuća ljudskih prava i Balkanske mreže za ljudska prava; surađuje s hrvatskim pravosudnim, javnim upravnim i drugim relevantnim institucijama, kako u radu na slučajevima kršenja ljudskih prava, tako i u razvijanju novih sistemskih rješenja. Rezultati HHO-a dosad su sljedeći:
- brojni slučajevi kršenja ljudskih prava svake godine budu razriješeni na temelju intervencija pri odgovornim instancijama sistema, lobiranja, javnih akcija i suradnje s relevantnim vlastima (teško je ocijeniti stupanj uspješnosti, budući da dio pritužitelja ne obavještava HHO o uspjehu odnosno ostvarenju njihovih prava; na osnovi djelomičnih povratnih informacija, te indirektnih obavijesti od nadležnih institucija, procjenjujemo da je stupanj uspješnosti oko 25 %);
- obrazovanje za ljudska prava za mlade (do kraja 2006. 240 srednjoškolaca u šest godina), čime se nadoknađuje manjak tema o ljudskim pravima u hrvatskim nastavnim planovima; obrazovanje o ljudskim pravima za mlade profesionalce / buduće donositelje odluka u jugoistočnoj Evropi - u suradnji s Balkanskom mrežom za ljudska prava (dosad 180 sudionika u šest škola); ljetne škole ljudskih prava: obrazovanje o posebnim pitanjima ljudskih prava za aktiviste civilnog društva, novinare, saborske zastupnike i javne službenike u Hrvatskoj i drugim post-jugoslavenskim zemljama (više od 500 sudionika u 10 godina);
- napredno obrazovanje za pravosuđe (s**e, javne tužitelje itd.), koje je potom preuzela Pravosudna akademija;
- zalaganje za zakonodavstvo relevantno za ljudska prava. Zakon o pravu na pristup informacijama je usvojen kao rezultat zalaganja koalicije NVO-a koju je okupio HHO; Zakon omogućuje mnogo efikasnije postizanje transparentnosti i odgovornosti. Nacrt Zakona o političkim strankama bio je podnesen Saboru na razmatranje, ali je bio odbijen; premda je bila formalno neuspješna, ova je kampanja bila dobro prepoznata u medijima, te je efektivno razotkrila otpor cijele političke elite (neovisno o stranačkoj pripadnosti) prema transparentnosti u odnosu na internu demokraciju, financije, raspodjelu izbornih kandidatura ili utjecajnih pozicija itd.;
- nadziranje slobode informiranja i izražavanja, obrana pravā novinara, kao i osoba čija su prava kršili mediji (privatnost, osobno dostojanstvo itd.). EU Monitoring Centre on Racism and Xenophobia je izabrao HHO kao National Focal Point za Hrvatsku na osnovi njegovog angažmana na monitoringu i zaštiti ljudskih prava, napose prava etničkih manjina. Hrvatski helsinški odbor surađuje sa sličnim organizacijama u regiji jugoistočne Evrope (ostalih postjugoslavenskih zemalja, kao i Albanije, Grčke itd.), kao i diljem Evrope.
