La crise phylloxérique, les maladies de la vigne et le développement des échanges sont venus bouleverser des équilibres centenaires subtils. Les hybrides producteurs directs se sont présentés en alternative aux cépages traditionnels. La pénurie de vin due à la seconde guerre mondiale entraîna une crise de surproduction ; c'est dansce contexte que le classement des cépages français fut élaboré, en
consacrant le choix des viticulteurs eux-mêmes et, en particulier, les variétés traditionnelles déjà retenues lors de la créationdes appellations d'origine contrôlée tout en abandonnant les hybrides et tous les cépages dont la qualité et la régularité de production ont été jugées insuffisantes. C'est à cette époque également que furent éliminées par arrachage obligatoire les variétés obtenuesà partir de Vitis labrusca, considérées comme prohibées : Noah, Isabelle, Othello, Clinton...
Leur résistance naturelle aux maladies ne compense pas le manque de finesse de leur caractère dit"foxé". L'engouement grandissant relatif aux cépages oubliés ne doit pas faire oublier la réalité des investigations de terrain qui n'en sont qu'à leur balbutiement. L'hétérogénéité et la variabilité des souches malgré le même génome, par exemple pour les Pinots bourguignons (noirs, blancs, meuniers), eux-mêmes descendants des Gouais très communs dans toute l'Europe du Moyen-âge, explicitent les difficultés de détermination des différentes populations
de vignes. Depuis une vingtaine d'années, la biologie moléculaire apporte des clés de différenciation des caractères variétaux grâce aux analyses ADN. Le travail de prospection, assuré par des bénévoles passionnés et le temps nécessaire à la réponse physiologique de la plante ainsi qu'aux aléas de la vinification de ses fruits demande patience et humilité.
