La Fundación nace por iniciativa de la Familia Cousteau y el grupo promotor y es una fundación adscrita al Protectorado del Ministerio de Cultura por Orden Ministerial del 10 de septiembre de 1999. Philippe Cousteau, segundo hijo del Comandante Jacques Cousteau, perdió la vida en junio de 1979 en un accidente de hidroavión en las aguas del Tajo, cerca de Lisboa. La Fundación aspira a ser reflejo y
custodia de sus cualidades y a perpetuar su legado. Símbolo de la fusión de los mares y los océanos, a ceremonia de Unión de los Océanos, es un acto creado y organizado por la Fundación en distintas ciudades marítimas. Así mismo rinde homenaje a Philippe Cousteau y refleja los valores y la misión de la Fundación. Por primera vez celebrada en Salinas, Asturias, en el Museo de las Anclas de Philippe Cousteau, fue inaugurada por el Rey de España Don Juan Carlos I y contó con la además con la presencia de viuda y los hijos de Philippe Cousteau, que son hoy patronos de la Fundación. Cartagena de Indias en Colombia, y Punta del Este en Uruguay han sido otros de los lugares en donde se ha continuado celebrado la ceremonia. El Museo de Anclas de Salinas (Asturias), cuenta un busto en bronce de Philippe de gran belleza como símbolo de toda una vida dedicada a la mar.
