Die Geschichte der Schola Cantorum reicht bis zu ihrer Gründung durch den Leipziger Musikpädagogen Reinhardt Syhre im Jahr 1963 zurück. In den 60er und 70er Jahren wirkt der damalige Kinder- und Jugendchor regelmäßig gemeinsam mit dem Leipziger Gewandhausorchester unter Kurt Masur in Beethovens 9. Zugleich sind Mitglieder des Chores in dieser Zeit an über 30 Produktionen des Leipziger Opernhauses beteiligt. Darüber hinaus vertreten die Sängerinnen und Sänger die Stadt Leipzig erfolgreich bei internationalen Wettbewerben, vielfältige Rundfunk- und Plattenproduktionen entstehen, es kommt zur Zusammenarbeit mit Dirigenten wie Herbert Blomstedt oder Georg Christoph Biller. Nach der politischen Wende 1989 wird Syhres Ensemble dem städtischen Schulverwaltungsamt als "besondere pädagogische Einrichtung" zugeordnet, wo die Schola Cantorum noch heute beheimatet ist. Nach dem Tod Syhres übernimmt 1992 der Mecklenburger Eckhard Budrowitz die Leitung des Chores, der inzwischen "Leipziger Kinder- und Jugendchor Schola Cantorum" heißt und aus einem Mädchenchor sowie verschiedenen Nachwuchsensembles besteht. Erste Platzierungen bei internationalen Wettbewerben, vielbeachtete CD-Einspielungen und Konzertreisen in die ganze Welt, unter anderem nach Italien, Finnland und die USA folgen. 2001 geht Budrowitz nach Belgien, Martin Lehmann, heute Dirigent des Windsbacher Knabenchores, wird Budrowitz' Nachfolger im Amt. In seiner Amtszeit setzt Lehmann, von 1983 bis 1992 Mitglied im Dresdner Kreuzchor, neben der musikalischen Arbeit vor allem auf konsequente Nachwuchsentwicklung: 2003 bietet die Schola Cantorum erstmalig Kurse in musikalischer Früherziehung an. Konzertreisen und Wettbewerbe führen den Mädchenchor der Schola Cantorum unter anderem nach Belgien und Großbritannien.
2005 übernimmt Philipp Amelung, ehemaliges Mitglied im Tölzer Knabenchor, die künstlerische Leitung der Chöre. Seine Amtszeit ist von vielfältigen Reisen, unter anderem nach Spanien, Frankreich, Polen und die USA geprägt. Amelung wird 2011 Universitätsmusikdirektor an der Eberhard-Karls-Universität in Tübingen. Sein Nachfolger wird der Leipziger Chorleiter Marcus Friedrich. Heute singen und musizieren über 100 Kinder zwischen zwei und fünf Jahren in den Kursen der musikalischen Früherziehung. Etwa 80 Mitglieder zählen die Spatzenchöre und der Kinderchor der Schola Cantorum. Im Mädchenchor, Frauenchor und gemischtstimmigen Kammerchor singen weitere 120 Sängerinnen und Sänger. Stimmbildungs- sowie Musiktheorieunterricht sind Bestandteile der musikalischen Ausbildung an der Schola Cantorum. Darüber hinaus können die Chormitglieder neben der Chorlaufbahn ein Instrument erlernen. Konzerte der Chöre finden in Leipzig, unter anderem Gewandhaus, Thomaskirche und Nikolaikirche sowie darüber hinaus im mitteldeutschen Raum und deutschlandweit statt. Damit ist die Schola Cantorum wichtige Botschafterin der Musikstadt Leipzig.
