Účelem a předmětem činnosti ústavu je realizace odborného výzkumu v oblasti archeologie a historie obecně, včetně podpory těchto společenských odvětví přímou či nepřímou formou, prostřednictvím terénního průzkumu a výzkumu, analýzou a vyhodnocením archeologických nálezů, historických staveb, archivních a kartografických rešerší, tvorbou analýz, expertiz a publikací, včetně poradenství, popularizac
e a osvěty. Kromě archeologie rozvíjí obor muzeologie pomocí podpory vývoje evidenčních systémů sbírkových fondů a obecné teorie.
Ústav provádí své poslání provozováním následujících činností:
a) vědeckovýzkumná činnost v oblasti archeologie, historie a muzeologie
b) provádění průzkumu krajiny
c) provádění stavebně historických průzkumů staveb
d) ochrana kulturních, architektonických a památkových hodnot sídel a krajiny
e) provádění archeologických výzkumů
f) provádění terénních, dokumentačních, měřičských a laboratorních prací v souladu s oborovými standardy
g) vývoj nových archeologických metodik dokumentačních prací v terénu i v laboratoři
h) provádění servisních dokumentačních a laboratorních prací pro jiné oprávněné archeologické organizace
i) konzervace a rekonstrukce archeologických nálezů dle aktuálních oborových standardů
j) správa a odborné zpracování movitých archeologických nálezů pro předání do paměťových institucí (obvykle muzea)
k) uspořádání, analýza a katalogizace archeologických a etnografických sbírkových fondů paměťových institucí
l) konzultační a poradenská činnost v oblasti archeologie a památkové péče, odborná školení pracovníků servisních organizací pracujících pro archeologický výzkum
m) popularizační i odborná publikační činnost v oboru archeologie a historie
n) pořádání výstav, přednášek, seminářů, kurzů a dalších obdobných kulturních akcí
o) vydavatelskou činností.
Ústav jednotlivé činnosti poskytuje v souladu s platnými právními předpisy České republiky. Ústav poskytuje veškeré činnosti za stejných podmínek pro všechny jejich uživatele.
