Nevét a szomszédos Szerbcsernyéről kapta, közelsége miatt. Előtte a népnyelvben a Buzitova nevet viselte, mivel Buzitova-puszta területén alakult ki. Régebben Magyar-Czernya. A helység eredetileg a zsombolyai uradalomhoz tartozó Buzitova nevű pusztán alakult; 1798-ban telepít***e Csekonics József tábornok, aki leginkább Szeged vidéki dohánykertészeket hívott ide. A telep kezdetben csak kisszámú családból állott. Mivel Szerbcsernyétől egy órányira volt, felváltva Buzitovának vagy Magyarcsernyének nevezték. Csekonics József tábornok halála után, 1824-től Csekonics János lett a helység földesura, aki arra törekedett, hogy e pusztából rendes falut alakítson, így 1828-ban Csősztelekről újabb magyar gányócsaládokat hívott ide, akik papjuk vezetésével jöttek új lakóhelyükre. Néhány, az anyavárosra emlékeztető, máig élő családnév: Berta, Biacsi, Biczók, Vastag. Az új települőkkel az uradalom 1829-ben 30 évre új szerződést kötött, melynek értelmében a szerződő telepítvényesek minden hold föld után évenként 3 pengő forintot tartoznak fizetni. A faluban a dohánytermesztés fontosságát 1904-ben Jeszenszky Ignác is említ***e, miszerint az uradalom bérbe adott területein jelentős volt a dohánykertészek munkája.
1828-ban iskolaházat is építtetett a község, mely ideiglenes imaházul is szolgált. 1829-ben felépült a plébánia is. 1842-ben t***e le Csekonics János az alapkövet a templomhoz, mely 1844-ben készült el. 1831-ben kolerajárvány pusztított.
1849 január 21-én az egész lakosság a Maroson túlra menekült a közeledő szerbek elől. Az ellenség az egész helységet üresen találva azt kirabolta, és felgyújtotta – ekkor égett el a plébánia levéltára is. Az elmenekült magyar lakosság csak 1849 május 7-én tért vissza.
1849 júliusában ismét a kolera pusztított. 1863-ban nagy volt az inség – míg ez tartott, Csekonics János földesúr a szűkölködők között naponként 30 kenyeret osztatott szét s ezenkívül 5600 mérő búzát és 5000 forintot adott nekik kölcsönképen. 1869–72-ben nagy árvizek borították el a határt, úgy hogy a szomszédos községekkel csak csónakokon lehetett közlekedni. 1906-ban nagy tűzvész pusztította.
1918-tól az SzHSz királyság része, majd 1941–1944-ig német közigazgatás alá tartozott. A II. világháború végétől Jugoszlávia (ma Szerbia) része.
1944–45-ös megtorlások
A visszaemlékezések szerint Magyarcsernyén a szerbek bevonulása után 14 helyi lakost végeztek ki a szomszédos Vojvoda Stepa-n, majd holttestüket visszaszállították Csernyére. Májusfaállítás
Szép magyarcsernyei népszokás a májusfaállítás, mely a mai napig a gyakorlatban is megmaradt. Május elseje reggelére a regruták, tizennyolc évesek, felállítják minden fiatal háza elé a májusfát, melyet virággal és krepp-papír szalagokkal díszítenek. A fát általában május második vasárnapján szedik ki, az azt megelőző éjszaka pedig felújítják. A májusfaszedés zenekar kíséretében történik. Végigmulatják a falut és minden tizennyolc éves fiatal házánál megpihennek. Ez az esemény az egész napot igénybe veszi, este pedig bált szerveznek és mindenkit meghívnak, aki előtt volt májusfa. Csernyei közmondások:
Az ördögé, mint a Lippai húszasa. – Lippai a templomban a perselybe tévedésből egy húszast tett, s mikor észrevette, így szólt: az ördögé már. Megelőzte, mint Megyeri a macskát. – Megyeri suszter volt, és a macskát az ablakból akarta elzavarni, de macskára dobott kaptafa az ablakot törte ki, amin azután a macska kimenekült. Késése van, mint Visnyeinek. – Visnyei János rendszeres templomjáró volt, de mindig elkésett a miséről.
Átesett rajta, mint Báló a nagykapun. – Báló kovácsmester részegen ment haza- nem első ízben-, és a kaput zárva találta. A társai felemelték és átlökték a kapun az udvarba.
