A FESFBA desenvolve um trabalho em prol das instituições filantrópicas do estado, tendo, atualmente, 51 associados. Oferece pleno suporte através de orientação sobre assuntos pertinentes à filantropia, utilidade pública, licenças junto à Polícia Federal, tabelas de procedimentos SIA/SIH/SUS, Integrasus e Programa de Reestruturação e Contratualização dos Hospitais Filantrópicos, entre outros. O alcance deste trabalho inclui, ainda, os segmentos administrativos, tributários, financeiros e técnicos, através de cursos, palestras, encontros, assembleias e por meio do envio de circulares, decretos, portarias, leis, ordens de serviços, medidas provisórias, entre outros documentos referentes ao Ministério da Saúde, Presidência da República, Ministério do Trabalho e Previdência Social e demais órgãos públicos. Além de manter os associados atualizados, a FESFBA atua como sua interlocutora e mediadora junto ao poder público na defesa dos interesses do setor – a prestação de serviços ao SUS e a vida das entidades filantrópicas -, com o objetivo principal de zelar pelo seu bom funcionamento e em busca do fortalecimento e da manutenção da qualidade dos relevantes serviços prestados por essas entidades à população baiana. A FESFBA possui representatividade nos Conselhos Municipais e Estaduais de Saúde e Assistência Social, sendo também membro da Confederação das Misericórdias do Brasil (CMB) – constituída por 16 Federações dos estados da Bahia, Ceará, Espírito Santo, Goiás, Mato Grosso do Sul, Minas Gerais, Paraná, Piauí, Pernambuco, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul, Santa Catarina, São Paulo, Tocantins, Mato Grosso e Alagoas – e da Confederação Internacional das Misericórdias (CMI), que possui representantes do Brasil, México, Espanha, Itália, França, Portugal, Luxemburgo, Ucrânia, Angola e Moçambique.