Os esforços da sociedade, governo, universidades e Ministério Público para a proteção do meio ambiente, em São Paulo, dão sinais de recuperação da Mata Atlântica de Interior e proporcionam o surgimento de experiências bem sucedidas em conservação e mobilização de novos atores sociais. Em seus 33 anos de atuação, na região da bacia do Alto Paraná, a Apoena tem se somado a esses esforços com um vast
o curriculum com ações práticas e efetivas na defesa da biodiversidade e valores culturais das comunidades tradicionais. Nos primeiros anos de sua história, o nome Apoena ficou nacionalmente associado à ação da sociedade civil para limitar os danos ambientais causados pela construção da usina hidrelétrica de Porto Primavera, nas divisas do estado de São Paulo e Mato Grosso do Sul. Foi a primeira Ong a exigir a elaboração dos estudos de impacto ambiental – Eia/Rima da usina, reivindicou o rebaixamento da cota de operação, sugeriu a construção de dispositivos para transposição de peixes e propôs a criação de unidades de conservação em área equivalente ao tamanho do lago que deram origem aos parques estaduais do rio do Peixe e Aguapeí, em São Paulo, e parque estadual das Ilhas e Várzeas do rio Ivinhema e RPPN Cisalpina, no Mato Grosso do Sul. Hoje a entidade conta com vários programas e projetos que são desenvolvidos a partir de um escritório no Pontal do Paranapanema, e com uma base de trabalho em reserva legal de assentamentos de reforma agrária, nas margens do rio Paraná, onde as ações de pesquisa e educação ambiental e a implantação de projetos de restauração florestal podem ser demonstradas em campo.
É representante ambientalista no Consema (Conselho Estadual de Meio Ambiente de São Paulo ), participou do fórum paralelo de Ongs na Eco-92, no Rio de Janeiro, foi da coordenação nacional da Rede de Ongs da Mata Atlântica – RMA e integrou o Sistema de Informação e Gestão de Áreas Protegidas e de Interesse Ambiental do Estado de São Paulo, o SIGAP, É dos conselhos consultivos dos Parques Estaduais do rio do Peixe e Aguapeí e Estação Ecológica Mico-Leão-Preto. Contribui com a elaboração do Plano de Manejo da RPPN Foz do Aguapeí, em levantamentos de avifauna, mamíferos, herpetologia e artrópodes. É instituição consorciada no projeto Ações de Governança Participativa para o Corredor de Biodiversidade do rio Paraná – Bioma Mata Atlântica e Unidade Regional do Pacto pela Restauração da Mata Atlântica - o PACTO.
