WDC geht auf den Einsatz und die Initiative des englischen Schülers Kieran Mulvaney in den 1980er Jahren zurück. Der damals 16jährige Kieran wollte Aufmerksamkeit auf die wachsenden Bedrohungen und die Notwendigkeit eines besseren Schutzes von Walen und Delfinen lenken. Die von ihm ausgesendeten Newsletter waren so erfolgreich, dass sich bald Mitstreiter fanden. Und so kam es 1987 zur Gründung von WDC (damals WDCS, Whale and Dolphin Conservation Society) in England mit nur einigen wenigen Mitarbeitern und Freiwilligen.
1989 hatte die Organisation ihre Aktivitäten ausgeweitet und die erste Untersuchung zur Tötung von Pilotwalen auf den Faröer Inseln abgeschlossen und veröffentlicht. Die Aufmerksamkeit führte zu immer mehr Unterstützern und auch Spenden und ermöglichte so weiteres Wachstum. In den frühen 1990er Jahren konnten neue Themen aufgegriffen werden; der Forschungsbereich wurde ausgebaut um unter anderem auch bisher wenig erforschte Arten wie Flussdelfine besser schützen zu können und ein Netzwerk mit Wissenschaftlern aufzubauen, unter anderem aus Schwellen- und Entwicklungsländern, die vor ganz besonderen Herausforderungen standen. WDC war eine der ersten Organisationen, die verantwortungsvolle Wal- und Delfinbeobachtung als echte wirtschaftliche Alternative zu Walfang förderte. WDC begann sich außerdem bei Konferenzen zu internationalen Abkommen wie der IWC (Internationale Walfangkommission) zu engagieren und Forderungen einzubringen. Dazu wurden verstärkt öffentlichkeitswirksame Kampagnen durchgeführt und die Zusammenarbeit mit gleichgesinnten Organisationen wurde ausgebaut.
1999 wurde WDC in Deutschland als gemeinnützige GmbH gegründet, 2003 folgte Australien und 2005 die USA. Ein weiteres Team begann bald danach seine Arbeit in Argentinien. In Schottland betreibt WDC ein Besucherzentrum (Scottish Dolphin Centre) an der Mündung des Flusses Spey am Moray Firth. Dort gibt es Ausstellungen, ein großes Angebot an Bildungsaktivitäten und vieles mehr. Jedes Jahr kommen tausende Besucher ins Scottish Dolphin Centre. Im Jahr 2012 wurde aus WDCS dann WDC (Whale and Dolphin Conservation).
