สถาบันสร้างเสริมสุขภาพคนพิการ (สสพ.) เริ่มต้นการดำเนินงานในรูปแบบแผนงานความร่วมมือ ระหว่างสถาบันวิจัยระบบสุขภาพ (สวรส.) สำนักงานกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ (สสส.) และศูนย์สิรินธรเพื่อการฟื้นฟูสมรรถภาพทางการแพทย์แห่งชาติ กรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข ในชื่อ “แผนงานสร้างเสริมสุขภาพคนพิการในสังคมไทย” ตั้งแต่ปีพ.ศ. 2547
ต่อมาคณะกรรมการสถาบันวิจัยระบบสาธารณสุขพิจารณาผลการดำเนินงานแล้วเห็น
ว่า
ยังมีภารกิจในการพัฒนาเชิงระบบอีกมาก เพื่อรองรับภาวะสุขภาพที่มีความพิการจากสาเหตุต่างๆ รวมทั้งภาวะสูงอายุ จึงมีมติให้ตั้งเป็นเครือสถาบันซึ่งเป็นหน่วยงานภายในของสวรส.
ใช้ชื่อว่า “สถาบันสร้างเสริมสุขภาพคนพิการ” ตั้งแต่วันที่ 22 มกราคม 2552
เพื่อให้เกิดการพัฒนาการทำงานในรูปแบบองค์กร สำหรับการทำงานระยะยาว
สสพ. มีความเชื่อพื้นฐานว่า คนพิการควรมีสิทธิและได้รับโอกาสที่เท่าเทียมกับบุคคลอื่นๆ ในการเข้าถึงบริการทางสังคมและสุขภาพ นอกจากนั้นคนพิการต้องมีโอกาสในการดำเนินชีวิตและพัฒนาศักยภาพของตนเองอย่างเต็มที่ โครงการที่ดำเนินการกับกลุ่มผู้พิการจึงมองคนพิการในฐานะที่เป็นผู้มีศักยภาพ มิใช่เป็นเพียงผู้รอคอยความช่วยเหลือหรือเมตตาจากสังคม นอกจากนั้นคนพิการจะต้องไม่ถูกเลือกปฏิบัติหรือกีดกันด้วยวิธีการใดๆ ทั้งทางตรงและทางอ้อมจากระบบบริการสุขภาพและบริการทางสังคมอื่นๆ
