KontraS Aceh didirikan pada tanggal 26 Juni 1998, para pendiri terdiri dari berbagai latar belakang profesi, yaitu advokat, akademisi, jurnalis, mahasiswa dan aktivis LSM. Pada tahun 2004, KontraS mengalami reorganisasi dan menjadi Perkumpulan KontraS, dimana KontraS Aceh sebagai KontraS wilayah menjadi otonom di bawah koordinasi Federasi KontraS yang berkedudukan di Jakarta. Pada awalnya KontraS
Aceh dibentuk untuk menangani kasus-kasus orang hilang (disappearances) yang terjadi saat penerapan Daerah Operasi Militer (DOM) di Aceh pada tahun 1989-1998. Namun karena banyaknya kasus-kasus kekerasan dan pelanggaran HAM yang terjadi pada masa DOM dan pasca DOM, akhirnya KontraS Aceh juga menangani kasus-kasus lainnya, yaitu penyiksaan (torture) dan pembunuhan diluar proses hukum (extra judicial killing). Penanganan kasus ini disebabkan tidak hanya karena banyaknya temuan di lapangan, tetapi juga banyaknya pengaduan dari para korban pelanggaran HAM ke kantor KontraS Aceh. KontraS Aceh juga melakukan penguatan terhadap para korban konflik dan korban pelanggaran HAM, dengan memberikan pemahaman tentang hak-hak dan bagaimana memperoleh hak-hak tersebut. Untuk itu, KontraS Aceh melakukan pertemuan-pertemuan korban baik di kantor KontraS Aceh, kantor jaringan maupun di desa-desa korban. Pertemuan tersebut diisi dengan diskusi dan pendidikan tentang HAM.
