Η υλοποίηση του Μουσείου ξεκίνησε απο τα γραφεία του Σωματείου Συνταξιούχων ΗΣΑΠ που αρχικά λειτούργησε ως "Μικρό Μουσείο" επί της οδού Μενάνδρου 51 στην Αθήνα, όπου στεγάζονταν και τα γραφεία του Σωματείου, με στόχο να αναδειχθεί η ιστορία του "Ηλεκτρικού" και ο ρόλος των εργαζομένων στην Εταιρία. Η περισυλλογή και συγκέντρωση των αντικειμένων γίνεται από τον Μανώλη Φωτόπουλο και τους συναδέλφους
του. Τα αντικείμενα φυλάσσονται στις αποθήκες της εταιρίας, έως ότου βρεθεί ένας πιο καταλληλος χώρος. Το 2003-2004 πραγματοποιούνται αρχιτεκτονική μελέτη και εργασίες για τη μετατροπή του χώρου όπου στεγάζεται σήμερα το Μουσείο, σε εκθεσιακό, με τη βοήθεια και χρηματοδότηση της εταιρίας.Το Μουσείο εγκαινιάστηκε το 2005 έχοντας στη συλλογή του 1250 αντικείμενα. Το 2011 ολοκληρώθηκε το έργο επέκτασης του Μουσείου αφού είχαν προηγηθεί οι ανάλογες οικοδομικές μελέτες από τη Διεύθυνση Γραμμής και Έργων της Εταιρίας. Παράλληλα συμπληρώθηκε και η απογραφή-αρχειοθέτηση των εκθεμάτων που είναι περισσότερα από 6.000. Οι εργασίες εφαρμογής της μουσειογραφικής μελέτης χρηματοδοτήθηκαν από το Σωματείο Συνταξιούχων ΗΣΑΠ και ολοκληρώθηκαν το 2013. Στην είσοδο του Μουσείου κατασκευάστηκε μνημείο, στη μνήμη των Αγωνιστών και Θυμάτων της Εθνικής Αντίστασης του προσωπικού των Ηλεκτρικών Σιδηροδρόμων.
