Η Ναύπακτος κατακτήθηκε δεκάδες φορές από δεκάδες λαούς, καταστράφηκε από σεισμούς, στα νερά της έγιναν 2 μεγάλες ιστορικές ναυμαχίες (Ναυμαχία της Ναυπάκτου 429πχ, μεταξύ Αθήνας και Σπάρτης), (Ναυμαχία της Ναυπάκτου 1571 μεταξύ Οθωμανών και στόλου και 5 Ευρωπαϊκών κρατών). Στη ναυμαχία αυτή τραυματίστηκε ο Θερβάντες, συγγραφέας του Δον Κιχώτη, γι αυτό και το άγαλμα του κοσμεί την πόλη της Ναυπάκτ
ου. Μέχρι που δόθηκε η πόλη της Ναυπάκτου σαν προίκα σε Ιταλό πρίγκιπα.
Όταν κυνήγησαν τους Βέρβερους πειρατές από την Αλγερία και την Τυνησία αυτοί έκαναν ορμητήριο τη Ναύπακτο γι αυτό και οι Ευρωπαίοι την έλεγαν Αλγέρι της Ευρώπης.
Η Ναύπακτος πήρε το όνομά της απ' τη λέξη ναυς και πήγνυμι, που σημαίνει κατασκευή πλοίων. Πιστεύεται πως την πόλη ίδρυσαν το 1104 π.Χ οι Δωριείς οι οποίοι κατά την κάθοδό τους, χρησιμοποίησαν τη Ναύπακτο για να κατασκευάσουν πλοιάρια, σχεδίες για την ακρίβεια. Έτσι πήρε και το όνομα της.
Η πόλη αρχικά ανήκε στους Εσπέριους Λοκρούς. Οι Αθηναίοι κατά τη διάρκεια του Πελοποννησιακού πολέμου, τους έδιωξαν και εγκατέστησαν στην πόλη οικογένειες Μεσσηνίων, που είχαν εκδιωχθεί από τους Σπαρτιάτες. Η Σπάρτη ανακαταλαμβάνει τη πόλη και τη ξαναδίνει στους Λοκρούς. Αιτωλοί, Αχαιοί, Θηβαίοι, παίρνουν τον έλεγχο της στο πέρασμα του χρόνου.
Ο Φίλιππος Β' της Μακεδονίας καταλαμβάνει τη Ναύπακτο και την παραχωρεί στους συμμάχους του Αιτωλούς που μετά την καταστροφή του Θέρμου την κάνουν πρωτεύουσα της Αιτωλικής Συμπολιτείας. Το 191 π.Χ. οι Ρωμαίοι αφού πολιόρκησαν την πόλη, έλυσαν την πολιορκία υπογράφοντας ανακωχή με τους Αιτωλούς.
Αποικία της Ναυπάκτου ήταν η νήσος Κέα, που πήρε το ονομά της από έναν ήρωα της πόλης.
Επι Ρωμαϊκής και αργότερα Βυζαντινής κυριαρχίας ήταν ένα πολύ σημαντικό λιμάνι, ενδιάμεσος σταθμός στα ταξίδια μεταξύ Ρώμης και Κωνσταντινούπολης, υπέστη καταστροφές από επιδρομές διάφορων λαών, όπως οι Σλάβοι, οι Ούνοι, οι Βισιγότθοι, Οστρογότθοι, Βάνδαλοι.
Μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους σταυροφόρους, για ένα αιώνα έγινε τμήμα του Δεσποτάτου της Ηπείρου. Ο Δεσπότης της Ηπείρου, Νικηφόρος Α' Κομνηνός Δούκας, πάντρεψε την κόρη του και έδωσε την πόλη προίκα στον γαμπρό του Φίλιππο, πρίγκιπα του Τάραντα. Μετά την κατέκτησε ο Δούκας της Πάτρας και έγινε τμήμα του Δουκάτου των νέων Πατρών , η σημερινή Υπάτη στη Φθιώτιδα.
Το Φράγκικο όνομα της πόλης ήταν Λεπάντο.
Μετά κατακτήθηκε μαζί με όλη σχεδόν την Αιτωλοακαρνανία από τον Αρβανίτη Μπούα Σπάτα . Τότε οι Έλληνες την αποκαλούσαν Έπακτο.
Πέρασε ένα διάστημα Ενετοκρατίας από το 1407 μέχρι πριν πέσει στα χέρια των Τούρκων το 1499. Άλλαξε χέρια δύο φορές μεταξύ Ενετών και Τούρκων. Στις 18 Απριλίου 1829, απελευθερώθηκε οριστικά από τους Τούρκους, όταν ο Ανδρέας Μιαούλης απέκλεισε το λιμάνι της πόλης και ανάγκασε τους Τούρκους να παραδώσουν το φρούριο.
Όταν έφυγαν οι Τούρκοι είχαν μείνει στη Ναύπακτο ελάχιστες οικογένειες Ελλήνων οι οποίες, μάλιστα, ήρθαν σε αντιπαράθεση με τις Σουλιώτικες οικογένειες (Μποτσαραίοι, Τζαβελαίοι κλπ), στις οποίες το κράτος είχε παραχωρήσει τα τουρκικά αρχοντικά, ως αντιστάθμισμα για την προσφορά τους στον Αγώνα.
Σήμερα η Ναύπακτος είναι ένας πανέμορφος τουριστικός προορισμός. Το Ενετικό λιμάνι, ένα από τα πιο καλοδιατηρημένα που υπάρχουν, τα γραφικά πλακόστρωτα καλντερίμια, το φρούριο, οι παραλίες, είναι κάποια από τα πολλά αξιοθέατα.
